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• 周産期センター(旧 母子医育支援ｾﾝﾀｰ)
• 漢方先端臨床医学
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• GCPセンター
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• 医療保険室
• 集中治療室
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• 医療情報センター
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• 医療保険室
• 医療サービス支援センター
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• 医療サービス支援センター
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• その他
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• 老化・疾患生体制御学
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• 図書室
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• その他
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• 臨床工学室
• 栄養部
• ヘルスケアイノベーション
• 看護部
• データサイエンス
• 事務部
• 医療通訳
• 移植再生免疫学
• 高難度新規医療技術・未承認新規医薬品等管理対策室
• 脳回路形態学
• 医療保険室
• 一般教育研究室
• 医療情報センター
• 放射線管理室
• 共同研究講座・寄付講座
• 研究基盤センター
• 医療安全推進部
• 感染予防管理部
• アトピー疾患研究センター
• 老人性疾患病態・治療研究センター
• 臨床研究・治験センター(旧 臨床研究支援・GCPｾﾝﾀｰ)
• 認知症疾患医療センター
• 疾患モデル研究センター
• 環境医学研究所
• 東京都難病相談・支援センター
• 医療サービス支援センター
• 感染制御科学研究センター
• スポートロジーセンター
• 国際診療部
• 先導的がん医療開発研究センター
• 臨床研修センター
• 医療プロジェクト室(バイオバンク参加者)
• ゲノム・再生医療センター
• その他
• 難病の診断と治療研究センター
• 消化器・低侵襲外科(-2021/12)
• 脳血管内治療学研究センター
• 静岡災害医学研究センター
• スポーツ健康医科学研究所
• 女性スポーツ研究センター
• ジェントロジー研究センター
• AIインキュベーションファーム
• 消化器外科学講座/上部消化管外科学(-2020/10)
• 消化器外科学講座/下部消化管外科学(-2020/10)
• 消化器外科学講座/肝・胆・膵外科学(-2020/10)
• 消化器・低侵襲外科学研究室/消化器・低侵襲外科学(-2020/10)